La glande pinéale ou épiphyse est une petite glande endocrine de l'épithalamus du cerveau des vertébrés.

Elle sécrète la mélatonine (dérivé de la sérotonine sécrétée elle par les tissus nerveux), et joue par son intermédiaire un rôle central dans la régulation du rythme biologique.

Dans l'espèce humaine, l'épiphyse a la forme d'un petit cône (d'environ 8 mm) situé en position médiane en arrière du troisième ventricule.

La glande pinéale joue un rôle de transduction qui convertit le rythme imposé par le noyau suprachiasmatique en message hormonal, sous forme de mélatonine.

La production de mélatonine est contrôlée par une voie rétino-hypothalamo (noyau suprachiasmatique)-médullaire (noyaux intermédio-latéraux)-pinéal via le ganglion cervical supérieur.

La mélatonine est libérée la nuit et concourt à adapter l'organisme au cycle nycthéméral (jour/nuit). La lumière inhibe la synthèse de mélanotonine.

René Descartes désignait la glande pinéale comme le « siège » de l'âme. Pour justifier cette hypothèse, Descartes se basait sur le fait que la glande pinéale aurait été l'unique organe de la tête à n'être pas conjugué, c'est-à-dire ne se présentant pas sous une forme de paire d'organes symétriques situés de part et d'autre du plan sagittal.

Par ailleurs outre sa position centrale, la glande pinéale se trouve juste au-dessus de l'aqueduc de Sylvius dont Descartes pensait qu'il guidait ce qu'il appelait les « esprits animaux » censés faire naître les sensations dans l'âme en frappant la glande pinéale.

Dans la mythologie védique du Yoga, la glande pinéale est associée, tantôt au chakra Ajna ou 3e œil, tantôt au Sahasrara ou chakra de la couronne, situé au sommet du crâne.

Dans la plupart des interprétations du Discordianisme la glande pinéale est supposée servir d'organe de communication avec la déesse Eris.

D'après Paul Foster Case, la glande pinéale est la « montagne » de la Bible où se fait la communication avec le Très Haut : Moïse reçoit les tables de la loi « sur la montagne », d'un point de vue ésotérique, cette montagne ne serait autre que le siège de la glande pinéale.